毎年年度末に行っている飼育者への飼育調査を元に木曽馬の頭数を把握しています。ここで言う木曽馬は、血統登録又は繁殖登録を受けている木曽馬の内、飼育者又は飼養者と連絡がとれ、その所在が分かる馬を指します。
うちの馬は木曽馬だが数に入っていないという方は保存会までご連絡いただければ、保存会で該当馬を確認（生年月日、馬名、特徴など）した上でこの飼育頭数の中に入ってきます。
| 飼育場所 | 種雄馬 | 候補雄 | その他雄 | 種雌馬 | 育成雌 | 合計 | 飼育戸数 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 木曽郡木曽町開田高原 | 3 | １ | ６ | ３４ | ２ | 46 | ８ |
| 木曽郡内（開田高原を除く） | １ | 10 | 11 | ５ | |||
| 長野県内（木曽郡内を除く） | １ | 6 | １５ | 22 | １６ | ||
| 岐阜県内 | 3 | 1 | ４ | ２５ | 33 | １６ | |
| その他の地域 | １ | １１ | ２５ | 37 | ２３ | ||
| 合 計 | ７ | １ | ３１ | １０７ | ４ | １４９ | ６８ |
| 平成２１年３月現在 | |||||||
木曽馬の多くはその産地である木曽郡に飼育されています。昔から馬を飼っている農家（一時的に牛になり又馬を飼っている人もいます）を中心に今でも数軒が馬を飼育しています。昔のように馬を農耕などの使役に使うことはなくなりましたが、家族同様に生活し大切に育てられています。
木曽馬の分布としては北は北海道から南は九州までとさまざまな所に飼育されています。中には東京都で飼育している方も居ます。飼育形態はさまざまですが、多くの馬達が家族だけでなく、近所の方たちにもかわいがられています。